Habib Zein tercatat menjabat sebagai Ketua Dewan Syura DPP Rabithah Alawiyah periode 2021-2026. Sebelumnya, Habib Zein sempat menjabat Ketua DPP Rabithah Alawiyah selama 15 tahun sejak 2006 hingga 2021.
Tak hanya di Rabithah Alawiyah, di Nahdlatul Ulama (NU) Habib Zein juga pernah berkiprah. Habib Zein tercatat pernah menjadi Mustasyar Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) masa khidmah 2022-2027. Habin Zein masuk dalam kepengurusan PBNU bersama sembilan habib lainnya.
Semasa hidupnya, Habib Zein aktif menulis. Hingga akhir hayatnya, dia sempat merilis karya terakhirnya berjudul "99 Tokoh Ulama".