Di era Gus Dur pun kebudayaan Islami mulai terlihat dan menjadi kebiasaan yang tercermin dari budaya serta perilaku masyarakat Indonesia secara luas.
"Indonesia kata Gus Dur bukan negara islam tapi hidupnya harus Islami. Beda negara Islam dan sifat Islami. Gus Dur pun memiliki hubungan mendalam tentang hubungan negara dan agama di Indonesia dalam memperjuangkan Islam sebagai substansi atau nilainya seperti kemanusiaan, kejujuran, anti korupsi, pemimpin yang sidik, amanah, Fatonah," katanya.