Sebelum menjadi Menko PMK di Kabinet Indonesia Maju, Muhadjir telah lebih dulu menjabat sebagai Menteri Pendidikan dan Kebudayaan (Mendikbud). Muhadjir dikenal sebagai pendidik.
Dia tercatat sebagai Rektor Universitas Muhammadiyah Malang (UMM) selama tiga periode. Muhadjir juga menjabat Ketua Pimpinan Pusat Muhammadiyah.