Segala daya upaya sudah dilakukan untuk menyelamatkan mereka namun tak berhasil. Keduanya pun dimakamkan di TMP Kalibata. Dan Imran bin Muhammad Zein yang menjadi pemimpin kelompok pembajak itu dihukum mati.
Meski berjalan lancar, operasi ini sempat diprotes oleh Amerika Serikat (AS). Mereka sempat menghubungi Letjen Benny Moerdani agar menunggu bantuan. Namun protes itu ditolak TNI. AS khawatir ada warga negaranya berada di dalam pesawat Woyla.
Tim Kopassandha sebenarnya sempat diragukan berhasil melaksanakan operasi ini. Disaksikan jurnalis dan pasukan antiteror dari berbagai negara, tim Kopassus berhasil membuktikan kemampuannya kepada dunia. Operasi Woyla merupakan salah satu keberhasilan yang membuat pasukan Indonesia yakni TNI tak dipandang sebelah mata lagi oleh negara-negara maju.