Selama tiga dasawarsa, Puri Agung Negara Djembrana terpaksa menanggung stigma terlibat gerakan PKI. Tudingan ini kemudian dianulir oleh Menteri Koordinator Politik dan Keamanan Sudomo yang menyatakan tidak ada bukti Gubernur Bali terlibat PKI.
Meski tuduhan itu telah dibantah pemerintah, hak ahli waris Sutedja sebagai pejabat negara diabaikan oleh pemerintah. Upaya pihak keluarga mengirim surat mulai dari Presiden Suharto hingga Presiden Susilo Bambang Yudhoyono untuk mempertanyakan hak gaji hingga pensiun tidak membuahkan hasil.