Anggapan itu wajar mengingat keawaman sang ayah. Ketika itu Yakub berpikir kapal tidak selalu berjalan searah kiblat. Dia juga tak tahu bahwa di kapal ada alat navigasi yang bisa menunjukkan arah.
Namun karena keberatan itu Bagyo lantas mendaftar Akmil. Dia juga mendaftar AAU. Hebatnya, dia lolos di kedua akademi tersebut. Kebimbangan pun menyelimuti, harus memilih mana. Pria yang dijuluki Bima ini lantas meminta saran seseorang yang memiliki kemampuan lebih soal agama.
Apa jawabnya? Bagyo disarankan salat Istikarah atau salat meminta petunjuk. Dari situ, dia lantas memantapkan tekad untuk masuk Angkatan Darat. Lulus dari Akabri 1970, dia memulai pengabdian sebagai prajurit TNI AD.
Bagyo digembleng sebagai serdadu infanteri di Korps Baret Merah. Kariernya terus meroket. Sinar terang perjalanan Subagyo juga mengantarkannya sebagai Danjen Kopassus (1994-1995). Hanya setahun menjabat orang nomor satu di pasukan elite itu, dia dipromosikan sebagai Pangdam IV/Diponegoro (1995-1997).