Pada pertengahan Juni 1997 dia dipercaya sebagai wakil KSAD. Subagyo mencapai puncak karier di kemiliteran pada 16 Februari 1998. Bima dari Piyungan ini dilantik Presiden Soeharto sebagai KSAD periode 1998-1999. Menteri Pertahanan Letjen TNI (Purn) Prabowo Subianto mengingat Subagyo sebagai sosok panutan.
Banyak hal dipelajarinya antara lain sifatnya yang ramah, jiwa loyal, dan setia serta selalu membela anak buah. Untuk diketahui, semasa Bagyo menjabat Danjen Kopassus, Prabowo adalah wakilnya.
“Saya kira tidak keliru kalau orang-orang memberi julukan beliau sebagai Bima. Mungkin tampangnya garang dengan kumis lebat, tapi beliau selalu senyum bahkan ramah dan selalu penuh humor,” kata Prabowo dalam buku biografinya. Kepemimpinan Militer: Catatan dari Pengalaman Letjen TNI (Purn) Prabowo Subianto’.