Kondisi tersebut tidak teridentifikasi dalam tahapan review desain dan pengujian setelah perubahan layout Stasiun Bekasi pada 2021. Dalam dokumen review desain 2022, penggambaran aspek persinyalan dilakukan dalam hubungan signal to signal tanpa status okupasi track, sehingga perbedaan perilaku Sinyal Keluar J12 terhadap status okupasi track 104AT dan/atau 104BT tidak tergambarkan.
"Dengan tidak tergambarkannya hal tersebut, kondisi ini tidak teridentifikasi sejak tahapan review desain, testing, hingga saat pengoperasian sampai dengan kecelakaan ini terjadi," tulis laporan tersebut.
2. Permasalahan komunikasi saat kondisi darurat
Investigasi menemukan bahwa saat Masinis KA 5181B menghubungi Pengatur Perjalanan Kereta Api Terpusat atau PPKP Selatan untuk melaporkan tabrakan di JPL 86, panggilan dilakukan melalui panggilan individual dengan menekan tombol PTT pada microphone tanpa menekan tombol panggilan emergency.
Berdasarkan rekaman komunikasi, proses klarifikasi mengenai kondisi KA 5181B dan jalur yang terdampak hingga dapat dipahami dengan baik oleh PPKP Selatan berlangsung selama 3 menit 20 detik.
Investigasi juga menemukan permasalahan pada keluaran audio KA 5181B berupa reverb, warbling, dan volume yang relatif kecil karena jarak sumber suara dengan microphone melebihi jarak yang disarankan dalam Operational Instruction Radio Tait TM9000.