Upaya pencegahan korupsi melalui perbaikan sistem di Kementan telah dilakukan KPK sejak 2009. Beberapa kajian di antaranya terkait kebijakan subsidi di bidang pertanian, tata kelola komoditas strategis, dan tata kelola impor komoditas. Saat ini KPK sedang melakukan kajian tata kelola impor komoditas hortikultura dan kajian tata kelola buffer stock dalam penyediaan pangan yaitu studi kasus bulog.
Kementerian Pertanian juga merupakan satu kementerian yang turut berkontribusi dalam mewujudkan aksi Strategi Nasional Pencegahan Korupsi (Stranas PK). Hingga triwulan 2 tahun 2021 terdapat 5 (lima) output dari total 11 output Kementan yang telah dilakukan dengan persentase capaian 37,81 persen.
Di antaranya yaitu termanfaatkannya data kependudukan untuk pendataan dan penyaluran program penanganan Covid-19 dan percepatan Pemulihan Ekonomi Nasional (PEN).
Sementara itu, masih ada enam output yang masih menjadi target untuk dicapai, di antaranya yaitu efektifitas dan efisiensi pelayanan pengangkutan, ekspor, impor dan domestik melalui integrasi sistem pelayanan di pelabuhan dengan transparansi dan standarisasi prosedur layanan.