a. Merencanakan, mempersiapkan, dan menyelenggarakan operasi-operasi militer dengan tujuan mengembalikan wilayah Provinsi Irian Barat ke dalam kekuasaan negara RI.
b. Mengembangkan situasi militer di wilayah Provinsi Irian Barat.
Dalam rangka melaksanakan instruksi tersebut Panglima Mandala menyusun rencana melalui tiga tahap berikut.
1) Fase Infiltrasi (Sampai Akhir Tahun 1962)
Memasukkan sepuluh kompi ke sekitar sasaran-sasaran tertentu untuk menciptakan daerah de facto. Dalam hal ini perjuangan melibatkan peran serta rakyat Irian Barat. Operasi yang dilakukan dengan pendaratan melalui darat dan udara telah berhasil menyusupkan ABRI dan sukarelawan, antara lain:
Operasi Banteng di Fak-Fak dan Kaiman.
Operasi Naga di Merauke
2) Fase Eksploitasi (Mulai Awal Tahun 1963)
Mengadakan serangan terbuka terhadap induk militer lawan, menduduki semua pos pertahanan musuh yang vital. Dalam hal ini akan dilakukan operasi militer yang disebut Operasi Jayawijaya.
c) Fase Konsolidasi (Mulai Awal Tahun 1964)
Menegakkan kekuasaan secara penuh di seluruh Irian Barat.