Dia menegaskan, tidak membayar zakat atau makan daging babi tidak bisa dihukum secara heteronom oleh negara. Namun, jika hendak membayar zakat atau ingin mengetahui makanan yang halal maka negara memfasilitasi dan melindungi.
"Dengan demikian kaum muslimin di NKRI yang berdasar Pancasila bebas dan dilindungi untuk melaksanakan ajaran agamanya dalam urusan akibah, akhlaq, muamalah, dan fiqih ibadah dalam lapangan privat dan keperdataan," ujarnya.
Akan tetapi, dalam hukum publik, sambung Mahfud, seperti hukum kepartaian dan pemilu ummat Islam pun tunduk pada hukum yang sama dengan yang berlaku bagi ummat lain. Menurut dia, hukum publik dibuat oleh negara sebagai titik temu dari berbagai kelompok ummat.