Markus Nari terlibat dalam kasus korupsi proyek e-KTP dengan ikut memengaruhi penganggaran dan pengadaan proyek e-KTP tahun anggaran 2011-2013. Perbuatannya juga disebut menguntungkan pihak lain dan korporasi.
Keuntungan yang diterima yaitu berupa uang yang dihitung sebagai kerugian negara. "Merugikan keuangan negara atau perekonomian negara Rp2.314.904.234.275,39 (Rp2,3 triliun)," kata hakim.
Perbuatan Markus dianggap melanggar Pasal 3 Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001 Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi jo Pasal 55 ayat (1) ke-1.
Kasus Perintangan
Markus juga dinilai terbukti merintangi proses peradilan kasus korupsi proyek e-KTP dengan mencoba memengaruhi dua orang dalam persidangan kasus e-KTP. Mereka adalah anggota Komisi II DPR, Miryam S Haryani yang saat itu masih saksi dan eks Direktur Dukcapil Kemendagri, Sugiharto yang kini terpidana.
Menurut jaksa, Markus sengaja mencegah atau merintangi secara tidak langsung pemeriksaan di sidang pengadilan terhadap saksi Miryam S Haryani yang saat itu menjadi saksi dan Sugiharto, yang saat itu menjadi terdakwa kasus e-KTP.
Atas perbuatannya, Markus dianggap melanggar Pasal 21 jo Pasal 35 ayat (1) UU tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi.