Lalu, menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang perencanaan pembangunan nasional; serta menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang keuangan negara. Dan satu orang perwakilan dari setiap provinsi di Provinsi Papua. Lalu, untuk membantu operasionalisasi pelaksanaan tugas Badan Pengarah Papua ditunjuk sekretaris eksekutif.
Keanggotaan dari Badan Pengarah Papua ditetapkan dengan Keputusan Presiden.
"Segala biaya yang diperlukan untuk pelaksanaan tugas dan fungsi Badan Pengarah Papua bersumber dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara pada bagian anggaran kementerian yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang keuangan negara," bunyi Perpres tersebut.