b. Sinkronisasi, harmonisasi, dan koordinasi serta pemberian arahan pembinaan, pengawasan, evaluasi, pelaporan dan pertanggungjawaban terhadap pengelolaan perencanaan, penganggaran, pendanaan, penerimaan, dan penyelenggaraan pemerintahan dalam rangka Otonomi Khusus dan percepatan pembangunan Provinsi Papua yang dilaksanakan oleh kementerian/lembaga dan pemerintah daerah Provinsi Papua;
c. Pemberian pertimbangan, arahan, dan rekomendasi penyelesaian permasalahan dan isu strategis pelaksanaan Otonomi Khusus dan percepatan pembangunan di wilayah Papua;
d. Pengendalian penyelenggaraan Otonomi Khusus dan percepatan pembangunan di wilayah Papua dengan berpedoman pada Rencana Induk Percepatan Pembangunan Papua dan Rencana Aksi Percepatan Pembangunan Papua untuk jangka menengah;
e. Penyampaian pelaporan pelaksanaan Otonomi Khusus dan percepatan pembangunan di wilayah Papua kepada Presiden;
f. Dan pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Presiden.
Dalam susunan organisasi, Badan Pengarah Papua diketuai oleh Wakil Presiden. Dengan anggota yakni menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan dalam negeri.