Masjid Negara dilengkapi fasilitas parkir yang mendukung kebutuhan pengunjung, termasuk empat lot khusus VVIP, satu lot untuk difabel. Selain itu, tersedia juga lima lot parkir diperuntukkan bagi bus serta pada lantai LG di area pelataran dengan kapasitas 64 lot parkir.
Bangunan masjid terdiri dari tiga bagian yaitu kubah utama, plaza terbuka, dan minaret. Bentuk kubah masjid mengambil konsep simbol sorban dan galaksi sebagai penafsiran semesta alam raya yang tanpa batas.
Area Plaza Terbuka memberikan ketegasan akses arah kiblat. Sedangkan menara masjid atau minaret memiliki tinggi 99 meter melambangkan Asmaul Husna serta menghadirkan bentuk melingkar ke atas menyiratkan doa yang dipanjatkan dan melambangkan nilai keilahian atau ketuhanan.
Masjid IKN akan berfungsi sebagai pusat kegiatan sosial dan spiritual yang inklusif bagi seluruh rakyat Indonesia.