Pada GAPEKA 2021, jumlah perjalanan KRL untuk lintas Bogor direncanakan sebanyak 476 perjalanan KRL yang terdiri dari Central Line (Bogor/Depok – Jakarta Kota PP) terdapat 267 perjalanan dengan dan Loop Line (Bogor/Depok –Jatinegara PP) terdapat 209 perjalanan.
Sementara jumlah perjalanan KRL Bekasi direncanakan sebanyak 236 perjalanan, yang terdiri dari Cikarang/Bekasi – Jakarta Kota Via Manggarai PP sebanyak 202 perjalanan, dan Cikarang/Bekasi – Jakarta Kota Via Pasar Senen PP terdapat 34 perjalanan.
Untuk lintas Serpong (Rangkasbitung/Parung Panjang/Serpong – Tanah Abang PP) diprogramkan 237 perjalanan KRL
pada lintas tersebut. Sementara di lintas Tangerang (Tangerang – Duri PP) pada GAPEKA 2021 ini direncanakan perjalanan KRL sejumlah 118 perjalanan.
Sedangkan lintas Tanjuk Priok (Tanjung Priok – Jakarta Kota PP) pada GAPEKA 2021 ini terdapat rencana perjalanan KRL sebanyak 84 perjalanan.
Sejalan dengan penugasan yang diberikan pemerintah dan PT Kereta Api Indonesia (persero) sebagai perusahaan induk, KAI Commuter saat ini juga mengoperasikan KA Lokal Merak, KA Prambanan Ekspres, dan segera akan mengoperasikan KRL Yogyakarta – Solo.
Pada GAPEKA 2021 ini, terdapat 14 perjalanan per harinya untuk KA Lokal Merak yang melayani Merak – Rangkasbitung PP. Untuk KA Prambanan Ekspres pada GAPEKA 2021 relasinya berubah menjadi Kutoarjo - Yogyakarta PP dengan delapan perjalanan per harinya. Sebelumnya KA Prambanan Ekspres melayani lintas Kutoarjo – Yogyakarta – Solo PP.