Menurut Fachrul, rencana kenaikan ini sempat tertunda dampak Covid-19. Penundaan terjadi karena adanya refocussing program, anggaran Kemenag mengalami pemotongan sebesar Rp2,6 triliun. Dari jumlah itu, sebanyak Rp2,02 triliun diambil dari anggaran pendidikan Islam. Makanya, ketika itu, diambil kebijakan untuk menunda kenaikan anggaran BOS Madrasah dan Pesantren.
"Penundaan itu kami lakukan, karena saat itu kami tidak memiliki jalan lain. Begitu kami punya jalan, maka rencana kenaikan anggaran BOS akan tetap kami implementasikan. Ini akan segera kita selesaikan, hari ini juga," ujarnya.
Kebijakan ini mendapat respons positif pimpinan Komisi VIII DPR dan para anggota. Selama ini, Komisi VIII bersama Kemenag tidak pernah lelah untuk terus memperjuangkan dukungan untuk pesantren dan lembaga-lembaga pendidikan keagamaan lainnya.