Sjafrie juga pernah menjabat sebagai Wakil Menteri Pertahanan (Wamenhan) dari 6 Januari 2010 hingga 20 Oktober 2014. Dia juga pernah menduduki jabatan sebagai Sekretaris Jenderal (Sekjen) Kementerian Pertahanan (Kemhan). Termasuk Kepala Pusat Penerangan (Kapuspen) TNI periode 2002–2005.
Tak dimungkiri, sosok Sjafrie sangat berperan dalam menjaga keamanan dan keselamatan Presiden Soeharto. Sebagai Paspampres, Sjafrie merupakan prajurit TNI yang mumpuni dan kenyang dengan berbagai penugasan di medan operasi.
Tidak hanya itu, Sjafrie juga pernah menjadi pengawal pribadi Presiden Soeharto ketika melakukan kunjungan kerja ke luar negeri seperti ke Malaysia, Singapura, Filipina, Sri Langka pada 1979, Amerika Serikat dan Jepang pada 1980, kemudian Korea, Spanyol, Jepang dan Amerika Serikat pada 1982, serta kunjungan Malaysia dan Singapura pada 1984.
Dia juga mengawal perjalanan ke Timur Tengah, Tunisia dan Amerika Serikat pada 1993, Bosnia, Kroasia, Jerman dan Denmark pada 1995. Kini, Sjafrie diangkat sebagai penasihat Menhan Prabowo Subianto.