Di tengah situasi amat mencekam tersebut, lulusan Seskoad 1989 tersebut meminjam jas dan peci hitam sama persis dengan yang dipakai Soeharto.
Taktik jitu ini sebagai penyamaran. Dengan kata lain, musuh bisa mengira bahwa Sjafrie sebagai Soeharto. Faktanya, kedatangan Soeharto ke negara yang sedang porak-poranda itu berakhir tanpa kurang suatu apa pun.
Dari Paspampres, kariernya melesat. Sjafrie berturut-turut menjabat Danrem 061/Surya Kencana (1995), Kasgartap-1 Ibu Kota (1996), hingga Kasdam Jaya (1996). Kariernya yang menonjol membuat dia digadang-gadang bakal melesat lagi.
Ternyata demikian adanya. Bintang dua diraihnya seiring promosi sebagai Pangdam Jaya pada September 1997.
Namun di titik ini kariernya diuji. Pada Mei 1998, huru-hara pecah di Jakarta. Aksi anarkistis merebak di mana-mana setelah rakyat marah dan menyuarakan reformasi. Ibu Kota membara.
Ketika kerusuhan meletus, Sjafrie ditunjuk sebagai panglima komando operasi (pangkoops). Kelak, beberapa bulan kemudian dia turut diperiksa Tim Gabungan Pencari Fakta (TGPF) yang dibentuk untuk mengusut tragedi itu.
Setelahnya karier Sjafrie agak melambat. Dia masuk kotak sebagai asisten teritori Kasum TNI, kemudian staf ahli polhukam Panglima TNI.
Namun setelah itu perlahan sinarnya mulai terang kembali naik. Dia ditunjuk sebagai Kapuspen TNI pada 2002, dan akhirnya sekjen Dephan pada 2005 atau era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono.