Terdapat masalah-masalah yang terjadi saat dijalankannya demokrasi terpimpin, diantaranya:
Kekuasaan Presiden
Pada masa demokrasi terpimpin, Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPRS) mengangkat Presiden Soekarno
Pembentukan MPRS
MPRS seharusnya dipilih melalui pemilihan umum (pemilu) tetapi dibentuk oleh presiden sendiri melalui Presiden No. 3 Tahun 1959.
Pembubaran DPR dan Pembentukan DPR GR (Gotong Royong)
DPR hasil pemilu dibubarkan karena DPR menolak RAPBN (Rancangan Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara) tahun 1960 yang diajukan pemerintah. Presiden kemudian membubarkan DPR dan membentuk DPR-GR.
Pembentukan DPAS (Dewan Pertimbangan Agung Sementara)
Lembaga ini diketuai oleh Presiden sendiri. Tugas DPAS adalah memberi jawaban atas pertanyaan presiden dan mengajukan usul kepada pemerintah.
Pembentukan Front Nasional
Front Nasional merupakan organisasi massa yang memperjuangkan cita-cita proklamasi.