Adapun fungsi pesantren meliputi pesantren sebagai lembaga pendidikan, sebagai lembaga pemberdayaan masyarakat, dan lembaga dakwah. Namun, lanjutnya, beberapa fungsi tersebut sejauh ini belum berjalan secara optimal.
Kemudian dua fungsi terakhir, yakni fungsi dakwah dan fungsi pemberdayaan belum ditemukan regulasi turunannya. Hal ini dapat dimaklumi mengingat bahwa fungsi-fungsi tersebut adalah fungsi yang menjadi tupoksi lintas kementerian, bukan hanya Kementerian Agama sebagai leading sector.
Maka dengan pertimbangan luasnya cakupan UU Pesantren serta kuantitas pesantren yang sedemikian banyak, Munas NU 2023 sepakat dengan pandangan bahwa diperlukan segera suatu regulasi turunan setingkat Perpres.
"Agar amanat Undang-Undang Pesantren bisa berjalan secara optimal atau pembentukan struktur birokrasi yang lebih kuat seperti Direktorat Jenderal," tuturnya.