Mengenai tugas kepala Otorita IKN, dalam Pasal 11 ayat 1 disebutkan bahwa ketentuan mengenai struktur organisasi, tugas, wewenang dan tata kerja Otorita IKN diatur dengan Peraturan Presiden.
Dalam UU disebut, dalam rangka persiapan, pembangunan dan pemindahan IKN, serta penyelenggaraan dan Pemerintahan Daerah Khusus IKN, kekuasan Presiden sebagai pengelola keuangan negara dikuasakan kepada Kepala Otorita IKN.
Kepala Otorita IKN berkedudukan sebagai pengguna anggaran/pengguna barang untuk IKN dan menyusun rencana kerja dan anggaran IKN. Kemudian, menyusun rencana pendapatan IKN. Kepala Otorita IKN merupakan pengguna barang atas barang milik negara dan aset dalam penguasaan yang berada dalam pengelolaannya.
Dalam UU juga disebutkan, Otorita IKN sebagai penyelenggara pemerintahan daerah khusus IKN bertanggung jawab dan berhak melaksanakan kegiatan persiapan, pembangunan dan pemindahan IKN.
Otorita IKN Nusantara juga memiliki kewenangan khusus dalam pemberian perizinan investasi, kemudahan berusaha, serta pemberian fasilitas khusus kepada pihak yang mendukung pembiayaan dalam rangka kegiatan persiapan, pembangunan, dan pemindahan IKN serta pengembangan IKN dan daerah mitra.