Selain meneguhkan pandangan dan sikap tentang Pancasila sebagai pilihan terbaik dan final, dalam disertasinya diuraikan pula mengenai pandangan Muhammadiyah dan NU mengenai jihad dan toleransi terhadap nonmuslim.
Dalam pandangan Muhammadiyah dan NU jihad bukanlah diwujudkan dalam bentuk kekerasan, apalagi terorisme. Bagi Muhammadiyah jihad merupakan jihad lil-muwajahah, yakni bersungguh-sungguh menciptakan sesuatu yang unggul dan kompetitif.
Sedangkan bagi NU jihad merupakan sebagai mabadi’ khaira ummah, yaitu bersungguh-sungguh mengutamakan kemaslahatan umat.
“Muhammadiyah dan NU sejak awal dikenal sebagai organisasi Islam yang toleran terhadap non-muslim. Bagi Muhammadiyah toleransi terhadap non-muslim sebagai ukhuwah insaniyah (persaudaraan kemanusiaan), sedangkan bagi NU adalah sebagai ukhuwah wathaniyah (persaudaraan kebangsaan),” ujarnya.
Dalam disertasinya, Said merekomendasikan pentingnya peran Muhammadiyah dan NU sebagai kekuatan sipil Islam untuk melakukan gerakan penyadaran dan perlawanan terhadap gerakan radikalisme yang dianggap antidemokrasi dan menyimpang dari ajaran Islam sebagai agama rahmatan lil-alamin.
Menurutnya, salah satu bentuk penyadaran dan perlawanan terhadap gerakan radikalisme adalah dengan terus menciptakan narasi-narasi sebagai kontra-diskursus atas pemahaman kelompok-kelompok Islam radikal mengenai isu-isu radikalisme yang selama ini dominan dan dianggap benar adanya, yang disuarakan melalui media-media resmi organisasi, lembaga pendidikan, dan pengajian-pengajian.
Said berhasil mempertahankan disertasinya dan lulus lulus dengan predikat sangat memuaskan.