Dinding sel tersusun atas peptidoglikan, lipid, dan protein. Dinding sel memiliki fungsi sebagai pelindung dan pemberi bentuk yang tetap. Pada dinding sel terdapat pori-pori sebagai jalan keluar masuknya molekul-molekul.
Membran plasma tersusun atas molekul lipid dan protein. Membran plasma ini memiliki fungsi sebagai pelindung molekuler sel terhadap lingkungan di sekitarnya dengan jalan mengatur lalu lintas molekul dan ion-ion dari dalam.
Sitoplasma tersusun dari air, protein, lipid, mineral, dan enzim-enzim. Enzim digunakan untuk mencerna makanan secara ekstraseluler dan untuk melakukan proses metabolisme sel. Metabolisme sel meliputi proses penyusunan (anabolisme) dan penguraian (katabolisme) zat-zat.
Mesosom disebut sebagai membran plasma melekuk ke dalam membentuk bangunan. Mesosom memiliki fungsi sebagai penghasil energi.
Ribosom merupakan organel tempat berlangsungnya sintesis protein. Ribosom memiliki ukuran sangat kecil, diameternya antara 15-20 nm (1 nanometer = 10-9 meter).
Perbedaan struktur sel prokariotik dan sel eukariotik juga bisa dilihat dari DNA atau yang bisa disebut asam deoksiribonukleat. Persenyawaan yang tersusun atas gula deoksiribosa, fosfat dan basa-basa nitrogen ini memiliki fungsi sebagai pembawa informasi genetik, yaitu sifat-sifat yang harus diwariskan kepada keturunannya.
RNA atau yang biasa disebut dengan asam ribonukleat merupakan persenyawaan hasil transkripsi DNA. Jadi, pada bagian tertentu DNA melakukan transkripsi membentuk RNA. RNA membawa kode-kode genetik sesuai pesanan DNA.