Selama berdinas di TNI, Djoko Santoso dianugerahi berbagai penghargaan bintang jasa/tanda jasa di antaranya Bintang Dharma, Bintang Yudha Dharma Utama, Bintang Kartika Eka Paksi Utama dan Bintang Yudha Dharma Pratama.
Kemudian, Bintang Kartika Eka Paksi Pratama, Bintang Yudha Dharma Nararya, Bintang Kartika Eka Paksi Nararya dan Satyalencana Seroja.
Sebagai bentuk penghormatan terakhir sekaligus belasungkawa atas wafatnya mantan Panglima TNI ke-16, TNI mengibarkan bendera setengah tiang selama 7 hari mulai 10-17 Mei 2020 di seluruh jajaran TNI.