Ia memulai pendidikan S1 di Fakultas Tarbiyah IAIN Jakarta di tahun 1982.
Kemudian, Azyumardi Azra
menerima beasiswa Fullbright, sehingga dapat melanjutkan kuliah S2 pada Departemen Bahasa dan Budaya Timur Tengah di Columbia University, AS.
Selanjutnya, pada 1988 ia berhasil mendapat gelar MA.
Masih di universitas yang sama, Azyumardi menempuh studi di Departemen Sejarah dengan beasiswa Columbia President Fellowship yang diterimanya dari Columbia University.
Dirinya meraih gelar MA keduanya pada 1989.
Pada 1992, Azyumardi memperoleh gelar Master of Philosophy (M.Phil) dari Departemen Sejarah, Columbia University.
Bukan hanya itu, gelar doktor filosofi juga ia raih dari kampus tersebut.
Seusai menimba ilmu di Amerika Serikat, Azyumardi kembali ke Tanah Air.
Ia lalu mendirikan jurnal studi Islam bernama Studia Islamika pada 1993 dan sekaligus menjadi pemimpin redaksinya.
Dari situ, perjalanan kariernya melesat, bahkan hingga meraih berbagai penghargaan. Pada 2010, ia menerima gelar kehormatan dari Kerajaan Inggris, yakni Commander of the Order of British Empire.
Dengan gelar kehormatan itu, Azra telah diakui sebagai anggota keluarga bangsawan Inggris. Azra berhak memakai gelar 'Sir' di depan namanya hingga bebas keluar-masuk Inggris tanpa visa. Artinya, Azra 'dinobatkan' sebagai individu pemegang gelar 'Sir' pertama di Indonesia.