Setahun setelahnya, dia dipercaya untuk menduduki posisi Kanit II Sat I Pidum Ditreskrim Polda Jatim, dan pada 2011 ia menjabat sebagai Kanit I Subdit II Hardabangta Ditreskrimum Polda Jatim.
Pada 2012, Jhonny kembali ke Papua dan menduduki posisi Kasubdit III Tipikor Ditreskrimsus Polda Papua. Kariernya terus menanjak, dengan penugasan sebagai Kapolres Jayawijaya pada 2013, Kapolres Manokwari pada 2014, hingga Wadirreskrimum Polda Banten pada 2016.
Dia juga pernah menjadi Dosen Utama STIK PTIK serta Dirreskrimsus Polda Riau pada 2017.
Pada tahun yang sama, Jhonny mendapat tugas penting sebagai Ajudan Presiden ke-7 RI Joko Widodo (Jokowi), posisi yang diemban selama hampir dua tahun hingga 2019. Usai meninggalkan posisi tersebut, karier Jhonny terus berkembang pesat.
Pada 2019, dia menduduki tiga jabatan sekaligus yakni sebagai Irbidjemensdm II Itwil V Itwasum Polri, Analis Kebijakan Madya Bidang Binkar SSDM Polri, serta Kapolrestabes Medan.