Pada abad ke-15 sampai 19, Sudan Selatan dihuni oleh kelompok etnis. Setelah Sudan diserbu pada 1820 oleh raja muda di bawah Kekaisaran Ottoman, Muhamad Ali, Sudan Selatan dijarah untuk dijadikan budak.
Akhir abad ke-19, Sudan berada di bawah kekuasaan Inggris dan Mesir. Sudan Utara dapat menerima pemerintahan Inggris dengan relatif cepat, namun Sudan Selatan tidak.
Karena itu, kekuatan Inggris di Sudan utara diarahkan pada upaya modernisasi, sementara di Sudan selatan difokuskan guna menjaga ketertiban. Hingga akhirnya Sudan resmi merdeka pada 1956.
Namun setelah bertahun-tahun, pemerintah Sudan sulit memenangkan konstituen politik yang beragam, terutama di bagian selatan.