Rafael didakwa dengan dua pasal TPPU sekaligus. Pertama, Rafael didakwa mencuci uang ketika bertugas sebagai PNS di Direktorat Jenderal Pajak sejak tahun 2002 hingga 2010. Jaksa menyebut Rafael Alun mencuci uang sebesar Rp36.828.825.882 (Rp36,8 miliar) selama 8 tahun.
Kemudian, Rafael Alun juga didakwa mencuci uang ketika menjabat PNS di Ditjen Pajak sejak 2011 hingga 2023. Pada periode tersebut, Rafael diduga telah mencuci uang sekitar Rp63.994.622.236 (Rp63,9 miliar).
Dengan perincian, sebanyak Rp11.543.302.671 (Rp11,5 miliar) dari hasil gratifikasi. Kemudian ditambah penerimaan lainnya sebesar 2.098.365 dolar Singapura atau setara Rp23.623.414.153 (Rp23,6 miliar). Lalu senilai 937.900 dolar Amerika atau setara Rp14.270.570.555 (Rp14,2 miliar) serta Rp14.557.334.857 (Rp14,5 miliar).
Jika dijumlah secara keseluruhan, Rafael Alun telah mencuci uang sejak 2002 hingga 2023 sekira Rp100.823.448.118 (Rp100 miliar).