Ada beberapa bangunan di Benteng Rotterdam yang digunakan sebagai museum dan masuk dalam pengawasan kantor Badan Balai Pelestarian Cagar Budaya Sulawesi Selatan.
Ada lima bastion atau selekoh yang artinya sudut atau penjuru yang dibangun menjorok keluar pada dinding benteng dan dipersenjatai dengan artileri yang menjadi ciri khas bangunan ini. Kelima bastion tersebut yaitu Bastion Bone, Bastion Bacan, Bastion Buton, Bastion Mandarasyah dan Bastion Amboina.
Di dalam ruangan tempat menahan Pangeran Diponegoro, terdapat peralatan salat, Al-Quran dan tempat tidur. Namun demikian, pengunjung tak dibolehkan masuk, hanya mengintip dari jendela.