Stasiun Manggarai kini juga melayani keberangkatan kereta Bandara Soekarno-Hatta. Ke depan, Stasiun Manggarai direncanakan mampu melayani kereta api jarak jauh.
Stasiun Manggarai juga menjadi saksi sejumlah peristiwa bersejarah, sejak masa penjajahan hingga perjuangan kemerdekaan Republik Indonesia. Nama wilayah Manggarai di Batavia mulai dikenal 400 tahun lalu, tatkala Gubernur Jenderal Jan Pieterszoon Coen mulai mendatangkan orang-orang dari daerah taklukan VOC untuk dijadikan budak.
Walau terletak 10 kilometer dari Tembok Batavia (Kota Tua Jakarta), tempat tersebut terus berkembang menjadi Kampung Manggarai. Semakin berkembang ketika transportasi kereta api dikembangkan pemerintah Hindia Belanda dan berdirinya Stasiun Manggarai pada 1918.
Stasiun Manggarai menjadi saksi perjuangan bangsa Indonesia. Stasiun Manggarai menjadi awal keberangkatan rombongan Presiden Soekarno ketika pemindahan ibu kota sementara ke Yogyakarta pada 4 Januari 1946 menggunakan kereta luar biasa (KLB).
Berbagai persiapan yang bersifat rahasia dilakukan. Deretan gerbong barang diletakkan di jalur 1.
Sekitar pukul 19.00 WIB, KLB melintas sangat perlahan dari arah Pegangsaan melalui jalur 4. Kemudian KLB yang membawa rombongan Presiden Soekarno tiba di Yogyakarta.