Kemudian Panglima Besar Jenderal Soedirman pun pernah singgah di Stasiun Manggarai untuk menghadiri perundingan gencatan senjata di Jakarta dengan Belanda. Kedatangan Sang Panglima Besar dan rombongan di Stasiun Manggarai pada Jumat 1 November 1946 disambut sorak sorai rakyat Indonesia.
Sebenarnya, Panglima Besar Jenderal Soedirman bisa turun di Stasiun Gambir dan langsung menuju Hotel Shutteraf (gedung Pertamina) yang ada persis di depan stasiun. Namun, Perdana Menteri Sutan Sjahrir sengaja merencanakan agar rombongan Panglima Besar Jenderal Soedirman turun di Stasiun Manggarai kemudian diarak menuju hotel di Gambir.
Ini untuk menunjukkan kepada Belanda, Republik Indonesia mempunyai panglima dan tentara yang hebat. Panglima Besar Jenderal Soedirman, didampingi Letjen R Oerip Soemohardjo, Mayjen Abdul Kadir, dan 80 pengawalnya diarak dan mendapat sambutan meriah rakyat Jakarta. Rombongan Jenderal Soedirman kembali ke Yogyakarta pada Selasa 5 November 1946 dari Stasiun Gambir.