Kepercayaan agama atau sistem kepercayaan telah ada sejak zaman praaksara dan sebelum kedatangan agama Hindu dan Buddha, masyarakat Indonesia mengamalkan animisme dan dinamisme.
Bukti-bukti peninggalan dari zaman praaksara menunjukkan bahwa manusia pada masa itu telah mengenal sistem kepercayaan sejak zaman Neolithikum. Konsep dan karakteristik sistem kepercayaan manusia purba dapat ditelusuri melalui artefak zaman Neolithikum.
Pada masa Neolithikum, terdapat kebudayaan Megalithikum yang erat hubungannya dengan sistem kepercayaan manusia purba. Kebudayaan Megalithikum merupakan tradisi dan kebudayaan purba yang menggunakan batu-batu besar untuk tujuan keagamaan. Artefak seperti menhir, dolmen, arca, waruga, sarkofagus, dan punden berundak dari Kebudayaan Megalithikum memberikan pemahaman tentang sistem kepercayaan manusia purba.
Selain itu, sistem kepercayaan manusia purba pada masa pra-aksara dapat dikategorikan menjadi tiga jenis, yaitu animisme, dinamisme, dan totemisme.
Animisme adalah sistem kepercayaan yang memuja makhluk halus dan roh nenek moyang. Manusia purba yang menganut animisme selalu memohon perlindungan dan meminta sesuatu kepada roh nenek moyang, seperti kesehatan, kesuburan, dan keselamatan.