Konsekuensi dari pengakuan pemerintah ini, alumni pesantren dapat melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi di sekolah mana pun. Lulusan pesantren juga dapat melamar pekerjaan di institusi mana pun tanpa harus melakukan ujian persamaan atau penyetaraan.
Ada empat aspek utama yang akan dijadikan dasar penjaminan mutu bagi pesantren, yaitu standar kompetensi; kerangka dasar dan struktur kurikulum; standar pendidikan dan tenaga kependidikan, dan standar mutu lembaga pendidikan itu sendiri.
Pada aspek standar kompetensi, pesantren harus menetapkan kompetensi yang harus dimiliki. Pada aspek kedua, pesantren harus memiliki standar isi, standar penilaian, dan standar proses untuk memastikan kurikulum yang sesuai dan proses pembelajaran yang efektif.
Ketiga, pesantren diminta menetapkan standar kompetensi bagi pendidik, tenaga kependidikan, dan tenaga pengasuhan dalam pendidikan pesantren. Aspek keempat mencakup standar sarana dan prasarana, pengelolaan dan pembiayaan.