Pada awal pembentukan Kodam Iskandar Muda di 2002, Soenarko menjabat asisten operasi kasdam. Dia kemudian secara berturut-turut diangkat menjadi Danrem-11/SNJ, Danrem-022 Dam-I/BB, Pamen Renhabesad Paban 133/Biorgsospad, Pati Ahli Kasad Bidsosbud, dan Kasdif-1 Kostrad, baru kemudian danjen Kopassus diraihnya Agustus 2007.
Saat menjabat Pangdam Iskandar Muda, Soenarko dilanda musibah. Pada 6 April 2009, putra sulungnya bernama Lettu Penerbangan Yudho Pramono tewas dalam kecelakaan pesawat Fokker-27 milik TNI-AU di Bandara Husein Sastranegara, Bandung, Jawa Barat. Selain Yudho, insiden kala itu menewaskan 23 prajurit TNI lainnya.
Jiwa patriotisme Soenarko tampak begitu kental saat menghadapi pemakaman putranya 10 tahun silam itu. Ketika itu, Seonarko menyatakan perasaan bangga karena Yudho gugur dalam menjalankan tugas negara sebagai prajurit TNI.