Setelah melewati tantangan alam, kali ini pasukan Kopassus harus beberapa kali berhadapan dengan Koninklijke Mariniers atau Angkatan Laut Kerajaan Belanda. Pada 28 Juni 1962, mereka memergoki dua perahu motor dan satu kapal sungai mendaratkan marinir Belanda di hulu Sungai Kumbai. Pasukan Kopassus yang sudah bersiap di pinggir sungai segera menembaki mereka hingga mundur dan melarikan diri ke arah Merauke.
Meski upaya diplomasi antarnegara terus berjalan, pertempuran-pertempuran sengit masih terjadi di hutan-hutan Merauke. Siasat Kapten Benny Moerdani ternyata mampu membuat pasukan Belanda kelimpungan. Bahkan Belanda sempat mengeluarkan pengumuman akan memberi 500 gulden bagi siapa saja yang mampu meringkus Benny Moerdani.
Namun usaha tersebut berkali-kali gagal. Hingga akhirnya disepakati gencatan senjata dan pasukan Operasi Naga dijamu makan di markas marinir Belanda. Dalam momen itu pasukan Belanda mengaku sangat kesal dengan siasat Benny Moerdani. Mereka menunjukkan jaket pasukan Kopassus yang pernah mereka sita dijadikan sasaran lempar pisau saking kesalnya terhadap Kapten Benny Moerdani.
Tepat pada Hari Pahlawan 10 November 1962, Kapten Benny yang dinaikkan pangkatnya menjadi Mayor bertugas sebagai inspektur upacara peremian Taman Makam Pahlawan Trikora di Merauke. Di sana mereka mengenang 10 prajurit yang gugur serta tujuh prajurit hilang dalam Operasi Naga. Delapan prajurit gugur saat mendarat di rawa, seorang prajurit gugur karena diserang penduduk setempat, dan seorang lainnya gugur karena sakit.
Dalam kondisi kekurangan prajurit seperti itu, pasukan Kopassus mampu menawan 500 pasukan Belanda yang didatangkan dari Biak untuk mempertahankan Merauke.