Irjen Napoleon menjadi terlapor dalam perkara penganiayaan yang dilaporkan Muhammad Kosman alias Muhammad Kece ke Bareskrim Polri pada tanggal 26 Agustus 2021.
Perkara penganiayaan ini telah ditindaklanjuti Bareskrim Polri dan sudah tahap penyidikan. Total sudah ada tiga saksi yang diperiksa pada awal kejadian sehingga kini bertambah jumlahnya.
Napoleon ditahan di Rutan Bareskrim Polri terkait perkara suap dan penghapusan "red notice" buronan Djoko Tjandra.