Melansir laman resmi Keraton Jogja, HB IX masih terus memegang berbagai jabatan di setiap periode hingga pada tahun 1973 menjadi Wakil Presiden Republik Indonesia yang kedua. Jabatan tersebut diemban sampai pada tanggal 23 Maret 1978, ketika ia menyatakan mengundurkan diri.
Selain berperan besar di bidang politik, Sri Sultan Hamengku Buwono IX ditetapkan sebagai Bapak Pramuka Indonesia. Khusus mengenai kepanduan ini, ia menyandang medali Bronze Wolf dari organisasi resmi World Scout Committee (WSC) sebagai pengakuan atas sumbangsih seorang individu kepada kepanduan dunia.
Tepat pada tanggal 2 Oktober 1988 malam, ketika beliau berkunjung ke Amerika, Sri Sultan Hamengku Buwono IX menghembuskan nafas terakhirnya di George Washington University Medical Center. Sang Raja kemudian dimakamkan di Kompleks Pemakaman Raja-raja di Imogiri Yogyakarta, diiringi lautan massa yang ikut berduka.
Berdasar SK Presiden Repulik Indonesia Nomor 053/TK/Tahun 1990, tanggal 30 Juli 1990, Sri Sultan Hamengku Buwono IX dianugerahi gelar Pahlawan Nasional atas jasa-jasa beliau kepada Negara Kesatuan Republik Indonesia.