Namun, Mazda terkena dampak kemerosotan ekonomi di Jepang pada 1990-an. Pada 1996, Ford mengambil alih saham dan menyelamatkannya dari potensi kebangkrutan.
Kedua perusahaan berbagi fasilitas manufaktur di beberapa negara bersama dengan platform kendaraan dan sumber daya lain.
Pada 2008, Ford merugi akibat krisis ekonomi global dan kemerosotan penjualan. Mereka melepaskan kendali atas Mazda dengan menjual 20 persen saham atau senilai 540 juta dolar AS.
Pada 2009, Mazda merayakan ulang tahun ke-20 lewat MX-5 Miata. Saat itu, penjualan mobil ini telah mencapai hampir 900 ribu unit. MX-5 Miata juga telah memenangkan hampir 180 penghargaan.
Pada 2010, Ford menurunkan kepemilikannya sehingga hanya tersisa 3 persen. Meski demikian, kedua perusahaan tetap bersama dalam berbagai usaha patungan di masa depan.