Habin Ja'far juga cukup tersentuh dengan pesan Paus Fransiskus tentang pentingnya toleransi dan persatuan dalam upaya menyelesaikan berbagai krisis yang melanda dunia ini.
"Di antara pesan beliau adalah dunia sedang dilanda banyak krisis maka mari umat beragama apapun agamanya, membangun persaudaraan agar agama bukan hanya tak jadi pemicu krisis tambahan karena intoleransi melainkan ikut berkontribusi bersama untuk menyelesaikan krisis," ujarnya.
Habib Ja'far pun juga merasa terharu melihat Paus Fransiskus yang menaruh kepercayaan yang besar terhadap masyarakat Indonesia akan keselamatan selama kunjungannya ini.
"Terima kasih Paus yang sudah percaya pada kita Indonesia bahwa Anda akan aman dan baik-baik saja di negeri mayoritas muslim ini dengan tidak memakai mobil antipeluru dan selalu membuka jendelanya selama perjalanan di Indonesia," katanya.