Selesai dari Ulumuddin, Munawir melanjutkan pendidikan ke Universitas Islam Negeri (UIN) Ar-Raniry Banda Aceh.
Pendidikan S2 diselesaikan di UIN Syarif Hidayatullah, dan melanjutkan program S3 di lembaga pendidikan yang sama saat ini.
Di Jakarta, Munawir juga merupakan dosen di salah satu perguruan tinggi islam dan guru tahfiz quran di beberapa madrasah di Jakarta.