Akhirnya pada abad ke-12, di masa pemerintahan Sultan Iskandar Muda, bangunan candi itu dihancurkan dan dialihfungsikan menjadi masjid.
"Waktu orang Aceh di sini sudah masuk Islam, tidak ada lagi orang Hindu, diserahkan benteng ini ke orang Islam," ujar Ismawardi.
Dari pusat kota Banda Aceh, Masjid Tuha Indrapuri berjarak 24 kilometer.
Memasuki kawasan masjid ini akan disuguhkan pemandangan segar dengan pepohonan rimbun. Selain itu masih tampak kokohnya bangunan berbentuk persegi empat dengan atap mengerucut tingkat tiga yang menjadi ciri khas masjid dipengaruhi budaya Hindu.
Untuk mencapai serambi masjid harus menaiki belasan anak tanggah. Kemudian ada dua kolam di bagian depan yang airnya digunakan untuk membasuk kaki para jemaah yang akan melaksanakan salat di dalam masjid.
Bangunan utama Masjid Tuha Indrapuri menggunakan konsttruksi kayu, namun dindingnya beton yang disangga tiang kayu yang masih kokoh berdiri hingga sekarang.