Sistem pendidikan ini dimulai dari level paling asas (elementary) sampai level tertinggi dalam dunia akademik yang mengombinasikan kereligiusan, science technology, agriculture, sports, arts, culture, dan information technology.
Sistem pendidikan berspirit pesantren adalah suatu kehidupan yang berlandaskan nilai-nilai kemandirian dan kebersamaan. Tujuannya agar siswa secara penuh berada pada lingkungan pendidikan sehingga terbentuk pribadi mandiri dan bersahaja dengan mengembangkan nilai dan prinsip manajemen modern.
Al Zaytun memiliki kampus luas. Kampus Al Zaytun berada di areal lebih dari 1.200 hektare. Areal seluas 200 hektare disediakan bagi sarana kompleks pendidikan.
Seperti gedung pembelajaran, gedung asrama siswa putra maupun putri, masjid, sarana olahraga yang lengkap dan sarana lainnya yang mendukung kegiatan pendidikan yang dihajatkan.
"Pendidikan adalah suatu usaha untuk mengarahkan kepada full development of personality, yang berarti membangun, membentuk watak dan kepribadian utuh dalam sistem pengasuhan peserta didik berkesinambungan, sehingga terwujud basthotan fi al-'ilmi wa aljismi tercermin dalam pribadi bangsa yang cerdas (intelektual, emosional, spritual)," tulis Panji Gumilang, 2004).