Poin utama lainnya dalam Muktamar ke-48 Muhammadiyah dan Aisyiyah ini yaitu pemilihan Ketua Umum PP Muhammadiyah.
Menurut Haedar, sistem pemilihan kepemimpinan di Muhammadiyah dan Aisyiyah yang berjenjang merupakan salah satu cara pemilihan yang demokratis.
"Sistem pemelihan yang berjenjang, maka insyaAllah sistem kepemilihan ini sangat demokratis yang tersistem. Representasi 3000 pemilih merupakan representasi yang kuat di Muhammadiyah sehingga mereka betul-betul menjadi pemilih cerdas dan tersistem," tuturnya.