Kembali ke Tanah Air dengan tugas di Kementerian Pertahanan. Dia berada di lingkaran anti-PKI. Sikap S Parman kerap dipertanyakan, lantaran sang kakak, Ir Sakirman merupakan anggota Politbiro PKI.
Sakirman juga merupakan pemimpin laskar rakyat bersenjata sayap kiri di Jawa Tengah.
Terlepas dari statusnya sebagai adik dari petinggi PKI, S Parman merupakan salah satu jenderal paling disegani. Kemampuan intelejensinya dikenal mumpuni dan membuatnya sangat diandalkan dalam berbagai gerakan perlawanan terhadap PKI.
Tahun 1959, S Parman kembali diangkat sebagai Atase Militer Rl di London dan 5 tahun kemudian ditugaskan sebagai Asisten I Menteri/Panglima Angkatan Darat dengan pangkat Mayor Jenderal.
Sebagai perwira intelijen yang berpengalaman, S Parman banyak mengetahui usaha-usaha pemberontakan PKl untuk membentuk Angkatan Kelima.
Pada 1 Oktober 1965 dini hari, Mayor Jenderal S Parman diculik gerombolan PKI dan dibunuh. Mayatnya ditemukan di daerah Lubang Buaya kemudian dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta.