Ibnu Katsir dalam kitabnya tafsir Ibnu Katsir menjelaskan bahwa Nabi Khidir melubangi perahu kepunyaan orang-orang miskin yang bekerja di laut, karena di hadapan mereka ada seorang raja (dzalim) yang merampas setiap bahtera.
Ilmu hikmah ini yang tidak dimiliki Nabi Musa yang hanya mengandalkan ilmu logika.
Adapun anak yang dibunuh Nabi Khidir karena, kedua orang tuanya adalah orang mukmin. Anak tersebut dikhawatirkan akan memaksa kedua orang tuanya itu kepada kesesatan dan kekafiran.
Ibnu Abbas mengartikan maksud Nabi Khidir supaya Tuhan mengganti anak lain bagi mereka, yang lebih baik kesuciannya dari anaknya itu dan lebih mendalam kasih sayangnya (kepada ibu bapaknya)."
Adapun dinding rumah itu adalah kepunyaan dua anak yatim di kota itu, dan di bawahnya ada harta benda simpanan bagi mereka berdua, sedangkan ayahnya adalah seorang yang saleh.
Rabbmu menghendaki agar supaya mereka sampai kepada kedewasaannya dan mengeluarkan simpanannya itu, sebagai rahmat dari Rabbmu; dan tidaklah aku melakukannya menurut kemauanku sendiri. Demikian itu adalah maksud perbuatan-perbuatan yang kamu tidak dapat sabar terhadapnya'." (Surah Al-Kahfi: ayat 60-82).