Persoalan terjadinya perang dengan kerajaan dan masyarakat pribumi yang menguras banyak uang. Kondisi VOC kemudian semakin kritisi dengan situasi finansialnya krisis. Sejak 1790- an dan selanjutnya, singkatan VOC bahkan dipelesetkan jadi vergaan onder corruptie alias "hancur karena korupsi."
Ketika dibubarkan, VOC mempunyai tanggungan utang sebesar 136,7 juta gulden dan kekayaan yang ditinggalkan berupa kantor dagang, gudang, benteng, kapal serta daerah kekuasaan di Indonesia, aset-asetnya kemudian diambil alih oleh pemerintahan Belanda.
Menariknya ketika mulai bangkrut, serangan Pangeran Hanyakrawati dari Mataram ke Surabaya kian membawa petakan bagi VOC. Pos-pos VOC yang ada di sekitar Surabaya, seperti Gresik dan Jortan ikut rusak dan terbakar.
Tentu saja akibat kerusakan ini VOC menjadi marah. Hanyakrawati pun meminta maaf kepada VOC dan menggantinya dengan izin VOC mendirikan pos-pos dagang baru di Jepara.