Seperti sebagian besar perwira lain di Angkatan Darat, MT Haryono melihat adanya potensi bahaya dari gagasan pembentukan Angkatan Kelima itu. Sejak itulah MT Haryono kemudian dijadikan target pembunuhan PKI yang mengatasnamakan pasukan pemberontak sebagai Gerakan 30 September atau G30 S/Gestapu.
Pada akhirnya, dia dibunuh PKI 1 Oktober 1965 din ihari di daerah Lubang Buaya dan dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta.
Jenazah para perwira TNI AD itu dimasukkan ke sumur tua di Lubang Buaya. Mayjen Anumerta MT Haryono gugur karena mempertahankan Pancasila sebagai Pahlawan Revolusi.