Daftar menteri yang harus diringkus ada 15 orang, termasuk di antaranya Wakil Perdana Menteri I merangkap Menteri Luar Negeri Subandrio dan Wakil Perdana Menteri III Chaerul Saleh.
Semuanya ditangkap dan dijebloskan ke dalam penjara. Menteri Irigasi dan Pembangunan Masyarakat Desa Surachman berhasil meloloskan diri. Surachman yang melakukan perlawanan tewas dalam operasi Trisula ABRI di Blitar Selatan Jawa Timur tahun 1968.
Selain jajaran menteri, penangkapan juga dilakukan kepada sejumlah perwira tinggi militer yang dinilai dekat dengan Bung Karno, di antaranya Mayor Jenderal Pranoto Reksosamudro, pengganti Jenderal Ahmad Yani.
Kemudian juga Mayor Jenderal Mursjid dan Brigadir Jenderal Suadi. Sebagaimana Pranoto, Mursjid pernah dipilih Bung Karno untuk menggantikan kedudukan Jenderal A Yani.
Sedangkan Suadi merupakan orang yang melapor kepada Bung Karno tentang adanya pasukan RPKAD yang mengepung Istana Negara sebelum sidang Kabinet 11 Maret 1966 digelar.
Soeharto yang didukung Jenderal A.H Nasution telah menyiapkan kekuatan sekaligus langkah-langkah yang matang. Di lapangan, sejumlah perwira tinggi militer AD terus menjaga komunikasinya dengan jaringan mahasiswa.
Mereka di antaranya adalah Kepala Staf KOSTRAD Brigadir Jenderal Kemal Idris, Panglima Siliwangi Dharsono dan Komandan RPKAD Sarwo Edhie. Kemudian Kepala Staf Komando Daerah Militer Jakarta A.J Witono dan Letnan Kolonel Urip Widodo dari Komando Daerah Militer Jakarta.
Sebagai pukulan terakhir terhadap kekuasaan politik Bung Karno, Jenderal Nasution didukung Soeharto untuk diangkat menjadi Ketua MPRS pada Juli 1966.
Kemudian melalui ketetapan No XIII/MPRS/1966, MPRS menugaskan Soeharto selaku pengemban Supersemar membentuk Kabinet Ampera yang menggantikan Kabinet Dwikora. Tamat sudah kekuasaan politik Bung Karno yang pernah ditetapkan sebagai Presiden seumur hidup.