Kekuasaan Joko Tingkir atau Raja Hadiwijaya di Kerajaan Pajang mulai pudar seiring berkembangnya kekuasaan Ki Ageng Pemanahan dan putranya yang bernama Danang Sutawijaya di kawasan hutan mentaok, Mataram.
Awalnya Ki Ageng Pemanahan, Ki Juru Mertani, Ki Panjawi dan Sutawijaya, merupakan sekutu Joko Tingkir, terutama saat menumpas Adipati Jipang Panolan Aryo Penangsang.
Ki Ageng Pemanahan merupakan keturunan Ki Ageng Selo asal Boyolali, Jawa Tengah yang bila garis keturunannya ditarik lebih ke atas lagi, silsilahnya akan sampai pada Raja Brawijaya Majapahit.
Oleh Sultan Hadiwijaya, Danang Sutawijaya diambil anak angkat dan diberi julukan Raden Ngabehi Loring pasar. Atas jasa yang telah dilakukan Ki Ageng Pemanahan Cs, Sultan Hadiwijaya memberikan hadiah kawasan hutan mentaok, di Mataram.
Kawasan Mataram yang semula kadipaten, berkembang pesat dan bahkan berani menentang kebijakan Kerajaan Pajang. Pemberontakan yang dilakukan Danang Sutawijaya mengakhiri kekuasaan Pajang.
Usai perang dengan pasukan Mataram di wilayah Prambanan, Joko Tingkir atau Sultan Hadiwijaya jatuh sakit dan meninggal dunia. Joko Tingkir dimakamkan di Desa Butuh, Kabupaten Sragen Jawa Tengah.
Dengan berakhirnya kekuasaan Pajang, Danang Sutawijaya muncul sebagai Raja Mataram Islam pertama dengan gelar Panembahan Senopati ing Ngalaga (1586-1681).